Ο ιός του μπλε αυτιού είναι επιρρεπής σε μεταλλάξεις.Ανεξάρτητα από το αν ολόκληρο το κοπάδι σπόρων στο αγρόκτημα έχει γίνει ανοσοποιητικό στο τελευταίο ξέσπασμα της νόσου του μπλε αυτιού, ή ολόκληρο το κοπάδι έχει αντικατασταθεί και όλοι οι χοίροι είναι αρνητικοί για την ασθένεια του μπλε αυτιού, αυτά τα αγροκτήματα εξακολουθούν να είναι ευάλωτα σε εκρήξεις ασθένειας του μπλε αυτιού από διαφορετικά στελέχη ιών.